Leczenie farmakologiczne jest alternatywą leczenia chirurgicznego ciąży ektopowej. Powoduje ono mniejsze uszkodzenie jajowodu, a tym samym zachowuje funkcje rozrodcze oraz jest tańsze od leczenia operacyjnego. Lekiem z wyboru w terapii farmakologicznej jest cytostatyk, antagonista kwasu foliowego – metotreksat. Metotreksat zalecany jest pacjentkom w dobrym stanie klinicznym (bez cech krwawienia do jamy otrzewnowej, u których stwierdza się ciągłość jajowodu i prawidłową funkcję nerek i wątroby). Do względnych przeciwwskazań do leczenia farmakologicznego zalicza się stężenie b-hCG powyżej 3500 mjm/ml, średnicę zmiany  w jajowodzie powyżej 4 cm i stwierdzenie czynności serca zarodka.